El Biobanco de Tejidos y Fluidos de la Universidad de Chile está estructurado acorde con la siguiente organización:

- Consejo del Biobanco: su rol es delinear las directrices del Biobanco, revisar y aprobar las propuestas de los Directores del Biobanco respecto a políticas internas y plan de desarrollo del mismo.
- Comité científico del Biobanco: conformado por académicos con amplia experiencia en investigación científica básico-clínica, que evalúan acorde con criterios científicos y técnicos de excelencia las propuestas de colección y cesión de muestras y datos solicitadas al BTUCH.
- Comité ético asesor externo del Biobanco: corresponden a comités ético científico acreditados. Su rol es apoyar al Biobanco en la generación de un consentimiento informado ampliado y analizar aquellas situaciones dentro del contexto de una investigación biomédica que ameritan apoyo ético-legal.
- Director Científico: su rol es elaborar y proponer las políticas internas de funcionamiento Biobanco, su plan de desarrollo, ocuparse de los aspectos ético-legales, de investigación y gestión de usuarios.
- Director Médico: está a cargo de coordinar los aspectos operativos relacionados al área de anatomía patológica del Biobanco y apoya al Director Científico en su gestión.
- Coordinadores de Biobanco y Laboratorio: son responsables de la coordinación de la gestión operativa y desarrollo del Biobanco en sus respectivas áreas.
- Equipo de anatomopatólogos, profesionales y técnicos: encargados de ejecutar las gestiones de las diferentes áreas del Biobanco.